General Pavković je pred domaćim sudom optužen za pomaganje u atentatu na Vuka Draškovića 15. lipnja 2000. godine u Budvi, time što je pripadnicima Jedinice za specijalne operacije MUP-a Srbije, optuženima za pokušaj atentata, omogućio odlazak i bijeg iz Crne Gore vojnim helikopterom i vojnim vozilima.
U procesu protiv bivšeg zapovjednika Jedinice za specijalne operacije, prvooptuženog Milorada Ulemeka Legije i suoptuženih, postupak protiv Pavkovića jedno je vrijeme bio izdvojen zbog njegove bolesti, ali je sudski vještak nedavno našao da je njegovo zdravstveno stanje sada takvo da mu omogućuje da prisustvuje suđenju.
Pavković je 25. travnja ove godine dobrovoljno otišao pred Haški sud čije ga je tužiteljstvo optužilo za ratne zločine na Kosovu 1999. godine.