Koizumi se tijekom boravka u Islamabadu sastao s pakistanskim predsjednikom, generalom Pervezom Musharrafom i premijerom Shaukatom Azizom. Svrha prvog posjeta šefa japanske vlade Pakistanu u posljednjih pet godina je jačanje bilateralnih odnosa.
Japanski je premijer predsjedniku Musharrafu objasnio da Japan, čija je želja uništenje nuklearnog oružja, želi saznati rezultate istrage o mreži ilegalnog izvoza nuklearne tehnologije pakistanskog znanstvenika Abdula Qadeera Khana, koja je otkrivena 2004.
"Predsjednik Musharraf i premijer Aziz detaljno su me uputili u slučaj dr. Khana", rekao je Koizumi dodavši kako su mu istodobno obećali da će ga obavijestiti o svim novim postignućima u vezi s tim slučajem.