Sud je također odbio zakonski regulirati ustavnost posjeta svetištu Yasukuni.
Ta odluka, u skladu s lokalnom jurisdikcijom, donijeta je u punoj diplomatskoj krizi s Kinom zbog polemike o militantnoj prošlosti Japana i posjetima premijera svetištu Yasukuni.
Više od tisuću podnositelja odštetnih zahtjeva, članovi obitelji Japanaca i Južnokorejanaca koje je japanska carska vojska unovačila a poslije su poginuli u ratu, požalili su se da posjeti Koizumija tom svetištu krše pravilo razdvajanje države i religije, zapisano u Ustavu.
Od 2001. konzervativni premijer najmanje jednom godišnje posjećuje Yasukuni, posvećen japanskim veteranima među kojima je i 14 ratnih zločinaca koje su osudili saveznici nakon 1945. godine.