Razlog ovome je ponajprije činjenica da u Federaciji BiH svaki od deset kantona ima svoje ministarstvo obrazovanja, te da postoji čak sedam prosvjetno-pedagoških zavoda.
Rezultat toga su 54 primjera "dvije škole pod jednim krovom" u kojima, primjerice, bošnjačka i hrvatska djeca, kao i nastavnici koji im predaju, nemaju nikakvog međusobnog kontakta. U te škole učenici dolaze kroz odvojene ulaze, vremenski su odvojeni odmori odnosno pauze, a nastavnici imaju odvojene zbornice.
Nakon intezivnog pritiska međunarodne zajednice u srpnju i kolovozu 2003. godine ministarstva obrazovanja u kantonima izdala su uputstva o administrativnom i pravnom ujedinjavanju ovih škola, no OESS u svojem izviješću potvrđuje da "gotovo nema nikakvog napretka".
Ovaj problem izravno se reflektira na postprijemnu obvezu prema Vijeću Europe po kojem BiH mora ukinuti segregaciju u obrazovnom sustavu.
Bosna i Hercegovina je pristupila Vijeću Europe 2002.godine, a u studenom iste godine ministri prosvjete Federacije BiH i Republike Srpske Mujo Demirović i Gojko Savanović potpisali su dokument u kojem se građanima BiH jamči da će se djeci-povratnicima osigurati "neometano obrazovanje u integriranim multikulturnim školama u područjima povratka, bez vjerske i kulturološke diskriminacije".
Od tada do danas, sugerira izviješće OESS-a, stanje u nekim područjima je "konzervirano". Spomenuti dokument odnosio se i na potrebu promjena naziva škola i smještanje vjerskih simbola u učionice za vjeronauk.
Međutim, u nekim školama na monoetničkim područjima (primjerice u RS) vjerske ikone i simboli i dalje su nazočni u učionicama i hodnicima, a slično je u FBiH (Ljubuški, Foča, Bratunac, Zenica). Štoviše, Misija OESS-a u nekim kantonima (Unsko-sanskom i Sarajevskom) bilježi organizirano dovođenje učenika na političke skupove.
Šef Misije OESS-a u BiH veleposlanik Douglas Davidson u svojoj nedavnoj izjavi podsjeća da su ministri obrazovanja BiH u studenom 2002. godine potpisali Strategiju obrazovne reforme kojom se od vlasti zahtijevaju "integrirane multietničke škole, oslobođene političkih, vjerskih, kulturnih i drugih predrasuda u obliku diskriminacije".
On precizira da je u lipnju 2003. godine donesen Okvirni zakon o osnovnom i srednjem obrazovanju na državnoj razini, te da je Visoki predstavnik u BiH u srpnju 2004. godine morao nametnuti usklađene zakone u kantonima koji su odbili provesti reformu.
"Devet mjeseci nakon toga, stanje je gotovo nepromijenjeno. 'Dvije škole pod jednim krovom' predmet su prepiranja političkih stranaka u Zeničko-dobojskom, Hercegovačko-neretvanskom i Srednjebosanskom kantonu", rekao je sredinom travnja veleposlanik Davidson.