"Nisam kriv", ponavljao je Miletić nakon što mu je belgijska sutkinja Christine Van Den Wyngaert pročitala pojedine točke u kojima ga se tereti za ubojstva, progon na rasnoj, vjerskoj i političkoj osnovi, deportacije i prisilno premještanje bošnjačkog stanovništva Srebrenice i Žepe, kao zločine protiv čovječnosti i kršenje ratnog prava i običaja.
Miletić (58) se predao 28. veljače, a na prvom stupanju pred ICTY 2. ožujka zatražio je 30-dnevnu odgodu za izjašnjavanje o krivnji.
U vrijeme na koje se odnosi optužnica od 11. ožujka do 31. kolovoza 1995., Miletić je bio zamjenik zapovjednika VRS Ratka Mladića zadužen za operativni rad i obuku.
Zajedno s Miletićem optužena su i druga dva Mladićeva pomoćnika, generali Milan Gvero i Zdravko Tolimir. Gvero se također predao 28. veljače, a na prvom je pojavljivanju negirao krivnju za optužbe, dok je prvooptuženi Tolimir još u bijegu.
Prema optužnici, potvrđenoj 8. veljače 2005., Miletić, Gvero i Tolimir terete se za sudjelovanje u udruženom zločinačkom pothvatu čiji je cilj bilo "nasilno protjerivanje bošnjačkog stanovništva iz zaštićenih enklava UN-a Srebrenice i Žepe", u istočnoj Bosni.
Etničko čišćenje tog područja odvijalo se prema "direktivi br.7" Vrhovne komande VRS, koju je 8. ožujka 1995. objavio predsjednik RS Radovan Karadžić, a čiji je autor, prema optužnici, bio Miletić.
U Direktivi se naređuje: "Što prije izvršiti potpuno fizičko odvajanje Srebrenice od Žepe i time spriječiti i pojedinačno komuniciranje između tih enklava. Svakodnevnim planskim i osmišljenim borbenim djelovanjem stvoriti uvjete totalne nesigurnosti, nepodnošljivosti i besperspektivnosti daljnjeg opstanka i života mještana u Srebrenici i Žepi."
Iako je provedba te direktive kuliminirala pokoljem više od 7.000 Bošnjaka iz Srebrenice, što je pravomoćnom presudom ICTY-a generalu Radislavu Krstiću 2003. okvalificirano kao genocid, te iako je većina sudionika udruženog zločinačkog pothvata optužena za genocid, trojicu Mladićevih pomoćnika Miletića, Gveru i Tolimira ta je najteža optužba zaobišla.