Kako nacionalna prvenstva, a time i imena klubova još nisu poznati, ždrijeb je obavljen po zemljama pa će tako bolje plasirani hrvatski predstavnik u 1. kolu igrati momčadi iz Albanije, a onaj slabije plasirani sastat će se sa slovenskim predstavnikom.
Prvi susreti igraju se 18. i 19. lipnja u Albaniji i Hrvatskoj, a uzvrati su 25. i 26 lipnja.
Pobjedom protiv Albanaca prvi hrvatski predstavnik bi u 2. kolu išao na boljega iz dvoboja finskog i islandskog kluba, a drugi na pobjednika susreta između ciparskog i rumunjskog predstavnika. Termini drugoga kola su 2. i 3. srpnja, te 9. i 10. srpnja.
U trećem kolu koje se igra 16. i 23. srpnja u ždrijeb ulaze i klubovi iz liga "petice", a bilo koji od naših predstavnika koji prođe prva dva kola ih izbjegavaju.
U ždrijebu Intertoto kupa čija će tri finalista osigurati mjesto u Kupu UEFA ukupno je 61 europski klub.