Sudsko vijeće Specijalnog suda za borbu protiv organiziranog kriminala, na prijedlog zamjenika specijalnog tužitelja Miroljuba Vitorovića u postupku za ubojstvo Ivana Stambolića i atentat na Vuka Draškovića, izdalo je nalog za Pavkovićevo privođenje zbog njegova neodazivanja sudu.
General Pavković je optužen za pomaganje u atentatu na Vuka Draškovića 15. lipnja 2000. godine u Budvi, time što je pripadnicima Jedinice za specijalne operacije MUP-a Srbije, optuženima za pokušaj atentata, omogućio odlazak i bijeg iz Crne Gore vojnim helikopterom i vojnim vozilima.
General Pavković optužen je i pred Međunarodnim kaznenim sudom u Den Haagu za ratni zločin na Kosovu 1999. godine, a više puta je izjavio da se neće dragovoljno predati tom sudu.