"Časni sude, nisam kriv", ponavljao je Perišić nakon što mu je sudac čitao pojedine točke optužnice.
Tereti ga se po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti u osam točaka za zločine protiv čovječnosti i u pet točaka za kršenje ratnog prava i običaja počinjene u višegodišnjoj opsadi Sarajeva, raketiranju Zagreba u svibnju 1995. i pokolju Bošnjaka u Srebrenici 1995.
Perišića, koji je bio načelnik glavnog stožera VJ od kolovoza 1993. do studenoga 1998., tereti se za zločine koje su počinile snage bosanskih i hrvatskih Srba na temelju činjenice da su zapovjedni kadar tih snaga činili njemu podređeni oficiri VJ, premješteni na službu u vojsku Republike Srpske i tzv. vojsku srpske Krajine.
Ti su oficiri, uključujući Ratka Mladića u VRS, cijelo vrijeme rata primali plaće, promaknuća, i druge odluke preko 30. i 40. Kadrovskog centra glavnog stožera VJ, navodi optužnica.
Optužnica navodi da je Perišić pomagao i podržavao počinjenje zločina snaga bosanskih i hrvatskih Srba ili da nije spriječio da budu počinjeni, odnosno istražio i kaznio počinitelje.
Navodi se da je kao zapovjednik glavnog stožera VJ izravno raspolagao oružjem, streljivom, gorivom i drugim logističkim materijalom koji su kontinuirano dostavljani VRS i SVK.
Njegova optužnica, nakon one protiv bivšeg predsjednika SRJ Slobodana Miloševića, pokazuje kako je na operativnoj razini VJ provodila politiku srpskog vodstva 90-ih da se okupiraju i etnički očiste veliki dijelovi Hrvatske i BiH, kako bi se na njima stvorila "jedinstvena srpska država" odnosno Velika Srbija.
Perišića je 1991. zapovijedao granatiranjem Zadra s položaja JNA u zaleđu, za što je 1996. u odsutnosti osuđen na 20 godina zatvora.
U ljeto 1992. je kao zapovjednik Hercegovačkog korpusa JNA vodio napad na Mostar, u kojem su granatirani civilni ciljevi i ubijeno na desetke Hrvata i Bošnjaka, no optužnica ICTY-a tereti ga samo za razdoblje 1993-95. kada je bio na čelu Vojske Jugoslavije.
Nakon smjene i umirovljenja 1998., aktivan je u redovima srbijanske oporbe te sudjeluje u rušenju Miloševića. Početkom 2001. postaje potpredsjednika reformističke vlade, kao čelnik Pokreta za demokratsku Srbiju. Krajem 2002. podnosi ostavku nakon afere u kojoj je osumnjičen za špijunažu u korist Sjedinjenih Država.