"Migracijska politika EU-a može biti održiva samo ako oni koji nemaju pravo ostati u EU-u budu učinkovito vraćeni", napisala je von der Leyen u pismu poslanom prijestolnicama.
"Međutim, vratilo se zapravo samo oko 20 posto državljana trećih zemalja kojima je naređeno da odu", dodala je.
Novi zakon treba definirati obveze povratnika i pojednostaviti proces povratka, napisala je.
Izrada prijedloga bit će prioritet novog povjerenika za migracije koji bi dužnost trebao preuzeti potkraj godine.
U pismu, poslanom uoči samita čelnika EU-a u Bruxellesu koji počinje u četvrtak, von der Leyen je također izrazila zabrinutost zbog ljudi koji su raseljeni zbog sukoba na Bliskom istoku.
Više od milijun ljudi raseljeno je proteklih tjedana "s jasnom mogućnošću za daljnje međunarodno raseljavanje", napisala je, pozivajući čelnike EU-a "da rade na planiranju za nepredviđene situacije".
Migracija će vjerojatno dominirati nadolazećim samitom EU-a nakon što je Poljska nedavno najavila planove za privremenu suspenziju prava na azil.
Varšava optužuje ruskog predsjednika Vladimira Putina i bjeloruskog čelnika Aleksandra Lukašenka da guraju migrante na poljsku granicu kako bi destabilizirali 27-članu EU i potkopali sigurnost.
"Potreban nam je jasan i odlučan europski odgovor kako bismo se suprotstavili tim aktivnostima, ne dopuštajući Rusiji i Bjelorusiji da koriste naše vlastite vrijednosti protiv nas", napisala je von der Leyen čelnicima EU-a.
Predsjednica Komisije također je neizravno kritizirala granične kontrole unutar bezvizne zone bloka, šengenskog područja, koje trenutačno provodi Njemačka.
"Ponovno uvođenje graničnih kontrola trebalo bi biti posljednja mjera", napisala je.
Broj ilegalnih prelazaka otkrivenih na granicama Europske unije pao je za 42 posto od siječnja u usporedbi s istim razdobljem prošle godine, objavila je u utorak europska agencija za nadzor granica Frontex.
Najznačajniji pad primijećen je na zapadnobalkanskoj ruti (-79%) i srednjomediteranskoj ruti (-64%), dok su se nezakoniti prelasci iz zapadne Afrike udvostručili (+100%) i gotovo utrostručili na istočnoj kopnenoj granici EU-a Poljske, (+192%), prema podacima Frontexa.