Optužbe protiv Leggerija pojavile su se u trenutku kad Frontex preuzima veću ulogu u kontroli granica Europske unije.
Migracije su vruće pitanje u EU-u na kojemu desničarskim strankama raste popularnost u nekim zemljama.
Leggeri je zadužen da njegova agencija ojača kontrolu na europskim vanjskim granicama i za taj zadatak mu se dodjeljuje sve veći proračun.
No Francuz je suočen s nizom optužbi - od metoda zaustavljanja migranata do nepravilnosti u trošenju financijskih sredstava.
Agenciju istražuje OLAF, neovisno nadzorno tijelo EU-a za korupciju, zbog optužbi o ilegalnom odvraćanju migranata koji u grčke vode pristižu iz Turske.
Europarlamentarci i aktivisti pozvali su Leggerija da podnese ostavku, ali je on to odbio učiniti i inzistirao da je njegova agencija ključna u borbi protiv krijumčarenja ljudi.
"Istrage su u tijeku i normalno je da moramo odgovarati političkim vlastima. Postajemo policijska snaga", rekao je Leggeri za francuski radio Europe 1.
Leggeri je također optužen za nepravilnosti u trošenju novca i loše postupanje s osobljem.
Dokumenti koje su objavili ZDF, Le Monde i Opservatorij korporativne Europe navodno dokazuju da je Frontex bio u kontaktima s desecima lobista obrane i tehnologije, kršeći pravila EU-a o transparentnosti.
Te objave prate medijski izvještaji u kojima se navodi da su upadi istražitelja OLAF-a u sjedište Frontexa pokazali da u agenciji ima prijevara i uznemiravanja osoblja.
Prema napisima francuskog dnevnog lista Liberation i njemačkog Der Spiegela, istražitelji, između ostalog, istražuju ugovor s poljskim pružateljem IT usluga koji je navodno pun nepravilnosti.
Europska povjerenica za unutarnje poslove YIva Johansson rekla je u petak da su najnovija izvješća "vrlo zabrinjavajuća" za agenciju koja će biti "daleko najveća agencija EU-a s velikom moći".
"Trebamo snažan, čvrst i funkcionalan Frontex", rekla je Johansson za AFP.
Frontex će do 2027. godine imati 10.000 agenata koji će biti izravno zaposleni u agenciji umjesto da ih u agenciju upućuju države članice.
Upravni odbor Frontexa, koji čine predstavnici zemalja članica i Europska komisija, osnovao je radnu skupinu koja će istražiti slučaj.
Agencija je učinila presedan i obustavila svoje operacije u Mađarskoj krajem siječnja nakon što je Europski sud osudio kršenje politike azila u toj zemlji.