Palača najviše hrvatske znanstvene i umjetničke institucije, na Trgu Nikole Šubića Zrinskog 11 u Zagrebu, pretrpjela je u potresu znatna oštećenja. Kako ističu iz Akademije, srušeno je nekoliko dimnjaka i oštećeno krovište, a u unutrašnjosti na svim etažama i u svim prostorijama palače brojne su zrakaste i ravne pukotine na zidovima i stropovima i otpala žbuka. Potres je srušio i nekoliko lustera i poprsja hrvatskih velikana u velikoj dvorani, među njima i poprsje prvog predsjednika Akademije Franje Račkog, rad Rudolfa Valdeca.
Iz Akademije podsjećaju da je u vrijeme potresa u Zagrebu 1880. Franjo Rački kao kanonik služio misu u zagrebačkoj katedrali, preživio potres i o njemu ostavio zapis, a ministrirao mu je tada osmogodišnji Rudolf Valdec. Potres nije srušio nijednu sliku ni poprsje utemeljitelja Akademije Josipa Jurja Strossmayera. Palača HAZU gradila se u neorenesansnom stilu po nacrtima bečkog arhitekta Friedricha von Schmidta od 1877. do 1880. i dovršena je nedugo prije navedenog potresa koji joj nije nanio veća oštećenja.
U Knjižnici HAZU na Strossmayerovom trgu 14, zgradi sagrađenoj 1883. po nacrtima Hermanna Bollea, koju su 2008. rekonstruirali akademici Miroslav Begović, Ante Vulin i Velimir Neidhardt, uz pukotine na zidovima i stropovima u unutrašnjosti, srušilo se i nekoliko dimnjaka koji su probili stakleni piramidalni pokrov iznad zapadnog atrija.
U Gliptoteci HAZU u Medvedgradskoj ulici 2 potres je srušio postolja s umjetninama i nažalost uništio mnoge skulpture i odljeve.