Vladin prijedlog kritizirao je HDZ-ov Željko Reiner, koji smatra da će mogućnost financiranja dijela djelatnosti javnih sveučilišta posebnim ugovorima dodatno narušiti njihovu autonomiju. Reiner se usprotivio i rješenju po kojem će Vlada, na prijedlog ministra, utvrđivati koeficijente za izračun plaća rektora i prorektora javnih sveučilišta.
"To se radi pod prozirnim izgovorom da bi im inače plaće pale, ali u ovakvoj konstelaciji, kad im Vlada određuje plaće, neka probaju ti rektori, koji su do sada bili izvan kontrole, bilo što reći protiv vlasti i ministara. Ne daj Bože tražiti više novaca za znanost i visoko obrazovanje", poručio je.
Uvjeren je kako se radi o "jasnoj želji da se politički potpuno ovlada sustavom znanosti i visokog obrazovanja i da ga se podvrgne kontroli partijskim kadroviranjem iz Ministarstva".
"Izravnim podjarmljivanjem znanosti" Reiner smatra i prijedlog spajanja nacionalnih vijeća za znanost i visoko obrazovanje.
"Ovdje neće biti niti onog igrokaza za naivni puk, s pozivanjem kandidata na razgovore i slično, iako se unaprijed znalo tko će biti izabran. Sada takvih krinki uopće neće biti, nego će sve biti vrlo razvidno imenovano politički", ustvrdio je.
"Insinuacija da se radi o nekakvoj partijskom nadzoru je tužna i sramotna. U povijesti Hrvatske akademske zajednice nikada veća autonomija sveučilišna nije bila kao što će biti od sada", uzvratio mu je Jovanović, ističući da se ministar potpuno razvlašćuje i daje potpunu autonomiju zajednici.
"Ali za to tražimo odgovornost i provodimo nadzor", naglasio je.
Odbacio je i Reinerove kritike da zakon nije trebalo donositi prije strategije razvoja znanosti, ističući da su izmjene svih zakona kojima se uređuje vertikala obrazovanja predviđene programom Vlade i strateškim smjernicama Ministarstva.
Jovanović vjeruje da će ta strategija biti donesena najkasnije do siječnja 2014., nakon čega će se izraditi potpuno novi zakoni, koji će u primjeni biti od 2015. godine.
Damir Tomić (SDP) Reinera je podjetio da je isti zakon kroz dva mandata HDZ-ove vlasti mijenjan čak sedam puta, bez donošenja ikakve strategije.
Zakon je podržao IDS-ov Valter Boljunčić, uvjeren da je takav zakon trebalo donijeti i ranije "da bi se spriječila neka zbivanja, kao što je saziv Nacionalnog vijeća i druge stvari koje sada vise u zraku do donošenja novog zakona".