Po Franjinim životopiscima, odlučio je posvetiti se Bogu kad su mu bile 24 godine.
Umro je 4. listopada 1226. u blizini Porcijunkule, napuštene benediktinske crkvice sv. Marije od Anđela. To je bila i prva kuća franjevačkog reda - fratri minori, što znači mala braća, kako ih je nazvao Franjo.
Papa Grgur IX. proglasio je 16. srpnja 1228. Franju Asiškoga svetim.
Za životopis Franje Asiškoga zaslužni su sv. Bonaventura i Celano, a po tom je životopisu i pričama slikar Giotto naslikao niz franjevačkih fresaka u crkvi u Assisiju.
Malo je poznato da je papa Ivan Pavao II. sv. Franju 1979. proglasio zaštitnikom okoliša i ekologije. Sedamdesetih godina prošloga stoljeća, u jeku globalnog zatopljenja, intenzivnih klimatskih promjena, širenja rupa u ozonskom sloju, intenzivnoga i nepovratnog smanjenja biološke raznolikosti, cijela katolička javnost svoje je poglede upirala u svetog Franju i njegovo poslanje.
Sv. Franjo poznat je po djelima kojima iskazuje neizmjernu ljubav i poštovanje prema svakom djeliću okoliša. U "Pjesmi stvorova", nastaloj krajem njegova života, zasigurno u proljeće 1225., Franjo je duboku zahvalnost izrazio Stvoritelju za majku Zemlju, braću Sunce, Mjesec, Vjetar, Oganj i Oblak te sestrice Zvijezde i Vodu.
Njegovi životopisci opisuju Franju kao viteškog borca i mladića vesele ćudi. Prema legendi, njegove su duhovne odlike bile očite i prije nego što se posvetio Bogu. Prvu odluku da se posveti Bogu donio je pošto je susreo nekog siromašnog vojnika i iz samilosti mu dao svoju skupocjenu odjeću. Te je noći imao viđenje, ukazao mu se Krist i - pokazujući mu velebnu zgradu s mnogo oružja i zastava - obećao da će sve to pripasti njemu i njegovim vojnicima. Franjo je to shvatio tako da mu je i dalje nastaviti s viteštvom i vojničkim životom, no glas Božji promijenio je njegov naum.
Prolazeći pokraj zapuštene crkve sv. Damjana u Assisiju, svratio je unutra da se pomoli, a glas mu s raspela reče: "Franjo, popravi moju kuću koju vidiš u ruševinama." Zanesen time, Franjo potajno proda nekoliko bala svile iz očeve trgovine da prikupi novac za gradnju crkve. Ljutit, otac ga optuži za krađu. Na sudu kod biskupa Franjo svuče sa sebe skupocjenu odjeću, ostavi sav novac i ocu odgovori da se zauvijek odriče života u bogatstvu. Na to ga biskup ogrne svojim ogrtačem.
Poslije toga Franjo je počeo skupljati kamenje i građu i popravljati crkvu sv. Damjana, a zatim i napuštenu benediktinsku crkvicu Porcijunkulu, poznatu kao sv. Marija od Anđela, koja postade prva kuća franjevačkog reda.
Jednog dana na misi u toj crkvi Franjo je čuo evanđeoske riječi: "Ništa ne uzimajte na put, ni štapa ni obuće, ni torbe ni kruha, ni novca, niti imajte po dvije haljine, jer radnik zaslužuje uzdržavanje." Te riječi nadahnuše Franju da sastavi jednostavna pravila za svoj red. To su čistoća, poniznost i poslušnost, a k tome i posvemašnje siromaštvo.
Odložio je remen, sandale i štap, a svoju je grubu tuniku opasao bijelim konopcem. Na glavu je stavio kukuljicu kakvu su nosili umbrijski seljaci. U svojoj župnoj crkvi sv. Jurja u Assisiju izrekao je prvu pokorničku i moralnu propovijed koja glasi: "Jednostavnom riječju, ali velikodušnim srcem, pobuđujući i izgrađujući svoje slušatelje."
Za svoju je zaručnicu izabrao sestricu Siromaštinu, a te će neobične zaruke Dante, koji je i sam bio franjevački trećoredac, opjevati u svojim stihovima.
Nakon toga, Franjo 1209. odlazi u Rim po dozvolu za svoj red. U početku je naišao na odbijanje pape Inocenta III. jer su kardinali njegova pravila smatrali prestrogima za slabašne ljude.
No, životopisci su zabilježili da je papa imao viđenje kako Franjo svojim ramenima podupire nakrivljenu lateransku baziliku te je ubrzo nakon toga dobio odobrenje za franjevački red i propovijedanje Evanđelja.
Franjo u Porcijunkuli 2011. u svoje bratstvo prima mladu, pobožnu djevojku Klaru i tako nastaje red siromašnih gospođa, nazvanih klarise.
U Alvianu 1212. Franjo je obećao i pravilo za one koji žive u svijetu, što je prvotna zamisao o trećemu franjevačkom redu.
Treći red čvršću organizaciju dobiva 1221., a iz njega nastaje franjevački svjetovni red ili trećoredci, namijenjen svim zrelim ljudima oba spola i onima u braku koji ostaju u svojemu zvanju i obitelji, s tim da u životu provode Načela sv. Franje, to jest Regule.
Zbog svoje poniznosti, franjevci su vrlo brzo postali omiljeni u narodu, moglo ih se vidjeti svagdje, a njihovo je propovijedanje pobudilo veliki vjerski zanos. Privlačnost franjevačkog duha ne očituje se toliko u ozdravljenjima i ostalim čudesima koja se pripisuju i sv. Franji, nego se temelji na Franjinoj ljubavi prema divljim životinjama i sićušnim bićima i njegovoj sposobnosti sporazumjevanja s njima, što je opisano u njegovoj "Pjesmi stvorova" i "Propovijedi pticama".
Jednostavna, plemenita i iskreno radosna čovječnost Franjina života, zapisali su njegovi životopisci, trebala je svijetu dozvati u pamet istinsku Božju čovječnost na koju se u to doba bilo gotovo zaboravilo. Franjo je svoje propovijedi uvijek počinjao riječima: "Bog nek vam udijeli mir."
Željevši postati misionar i mučenik, pošto je osnovao drugi franjevački red - klarise i odjenuvši prije toga u redovnički habit pobožnu djevojku Klaru, Franjo se uputio prema Palestini, zatim Španjolskoj i Maroku. Zbog bolesti i oluja, sa svih se putovanja morao vratiti kući, no nije odustajao pa je 1219. ipak stigao u Svetu zemlju. Po nekim legendama, Franjo je na povratku sa svojih putovanja boravio i u Dalmaciji.
Dvije godine prije smrti dobio je stigme.
Sv. Franjo se na freskama i slikama prikazuje u tamnosmeđem habitu svojega reda. Uz stigme, njegove su glavne oznake bijeli ljiljan, raspelo, vuk i janje. Simbolički prizori svečeva vjenčanja sa Siromaštvom i primanja Djeteta Isusa iz Marijinih ruku važne su pojedinosti zabilježene u likovnom prikazu sv. Franje.
Katolici blagdan sv. Franje slave 4. listopada.