Nagatomo je 2010. stigao u Cesenu, a u siječnju 2011. otišao je na posudbu u Inter, koji je na kraju sezone otkupio njegov ugovor za 11 milijuna eura. Od dolaska u Inter Nagatomo je standardni prvotimac.
MILANO, 5. siječnja 2013. (Hina/AFP) - Japanski branič Yuto Nagatomo
(26) produžio je ugovor sa Interom do ljeta 2016. godine, priopćio je
talijanski nogometni prvoligaš.