Kako se navodi u prijedlogu zakona, sklapanjem Protokola mijenjaju se i dopunjuju pojedine odredbe Ugovora izmedu Republike Hrvatske i Češke Republike o izbjegavanju dvostrukog oporezivanja porezima na dohodak i na imovinu, u svrhu jasnijeg odredenja ili pojašnjenja pojedinih pojmova korištenih u Ugovoru, te radi cjelovite izmjene postojećeg članka 26. (Razmjena obavijesti) Ugovora, kako bi se u odnosima izmedu Republike Hrvatske i Češke Republike omogućila razmjena obavijesti koje su od značenja za provedbu odredaba Ugovora ili provedbu domaćeg zakonodavstva.
Osnovna razlika u odnosu na postojeći Ugovor izmedu Republike Hrvatske i Češke Republike o izbjegavanju dvostrukog oporezivanja porezima na dohodak i na imovinu jest ta što se razmjena obavijesti na temelju postojećeg članka u slučaju Republike Hrvatske odnosi samo na porez na dohodak i porez na dobit, a u slučaju Češke Republike na porez na osobni dohodak, porez na dohodak pravnih osoba i porez na dohodak od nepokretne imovine.
Novim člankom obavijesti bi se mogle razmjenjivati u odnosu na sve poreze koji su uvedeni i u Republici Hrvatskoj i u Češkoj Republici.
Protokol sadrži i kvalitativne izmjene, odnosno pojašnjenje pojedinih pojmova koji su se u praksi pokazali kao mogući izvori različitih tumačenja, a sve u skladu s Modelom Organizacije za ekonomsku suradnju i razvoj (OECD).