Haaško tužiteljstvo u završnim je riječima u ožujku ove godine zatražilo da ga se proglasi krivim i izrekne kazna doživotnoga zatvora. Obrana je tražila oslobađajuću presudu.
Generala Perišića optužnica tereti u 13 točaka za pomaganje i podržavanje zločina nad civilima u BiH i Hrvatskoj, od čega se četiri točke odnose na raketiranje Zagreba. Optužen je i za propuste u kažnjavanju počinitelja. Tužiteljstvo ga tereti da je pomagao i podržavao snage koje su izvršile masakr tisuća muslimanskih muškaraca u Srebrenici u srpnju 1995., da je pomagao dvogodišnji topnički i snajperski teror stanovnika Sarajeva u kojem su ubijene i ranjene tisuće civila, kao i raketiranje Zagreba višecjevnim raketnim bacačem Orkanom 2. i 3. svibnja 1995. u kojima je poginulo najmanje sedam, a ranjeno je najmanje 194 civila.
Tužitelji su u završnim riječima opisali Perišića kao osobu koja je iz pozadine osigurala logističke i materijalne pretpostavke za etničko čišćenje i zločine koje su provele snage bosanskih i hrvatskih Srba u BiH i Hrvatskoj.
On je bio jedna od najvažnijih osoba u SR Jugoslaviji koje su provodile državnu politiku potpore snagama bosanskih i hrvatskih Srba iako je znao kakve su im namjere prema nesrpskom stanovništvu u BiH i Hrvatskoj, poručili su tužitelji koji su ga opisali kao "ratnika iz sjene" koji se skrivao iza tvrdnji službenog Beograda da SRJ nije sudjelovala u sukobu.
Zločini nad nesrbima u Srebrenici, Sarajevu i Zagrebu bili su "predvidljiva posljedica" nasilne državne politike, čije su kolateralne žrtve bile stotine tisuća nedužnih civila, kazao je tužitelj Mark Harmon podsjetivši da je kreator te politike bio predsjednik Srbije Slobodan Milošević, a da ju je provodio Vrhovni savjet obrane SRJ.
Vojska Jugoslavije, čiji je načelnik generalštaba bio Perišić, na temelju odobrenja Vrhovnog savjeta obrane koje je Perišić sam tražio naoružavala je bosanske i hrvatske Srbe i sudjelovala je u etničkom čišćenju nesrba. Tužitelji smatraju da su Vojska Jugoslavije te snage bosanskih i hrvatskih Srba bile jedna oružana sila nad kojom je general Perišić imao efektivnu kontrolu.
Perišić je osobno osnovao tzv. kadrovske centre preko kojih je upućivao oficire Vojske Jugoslavije u sastav snaga bosanskih i hrvatskih Srba, a preko njih su uređivani status i prava oficira VJ njihove plaće i pravo na mirovine i stanove. Sam Perišić na sjednici VSO 1994. godine, kazao je kako je na službi u VRS i SVK bilo 4173 oficira i drugog osoblja, podsjetili su tužitelji citirajući zapisnike sjednica s kojih je skinuta oznaka tajnosti.
Tužitelji su svoje teze na suđenju dokazivali svjedocima i dokumentacijom, a pri kraju suđenja tražili su i da se kao dokazni materijal uvedu prošle godine otkriveni dnevnici Ratka Mladića koji potvrđuju veze Vojske Jugoslavije i vojske bosanskih i hrvatskih Srba, odnosno potvrđuju tvrdnje tužitelja da je Perišić tijesno surađivao i pružao pomoć u ljudstvu i oružju snagama bosanskih i hrvatskih Srba.
Na suđenju je vojni vještak tužiteljstva, potpukovnik bivše JNA Jozef Poje svjedočio da je u napadu na Zagreb korišten Orkan kako bi se teroriziralo i gađalo stanovništvo, njihova imovina i infrastruktura i da se radilo o neselektivnom oružju za koje se znalo da će proizvesti civilne žrtve.
Pukovnik Vojske Jugoslavije Rade Rašeta posvjedočio je da ga je Perišić poslao u vojsku tzv. RSK, a da je plaću i dalje primao preko Vojske Jugoslavije. On je svjedočio o pomoći u ljudstvu, opremi i oružju koju je VJ upućivala Kninu, kao i o tome da je svoja izvješća redovito upućivao Generalštabu VJ.
Na njegovu suđenju kao dokazi su uvedeni zapisnici sa sjednica Vrhovnog savjeta obrane održanih nakon Oluje koji pokazuju da uzrok masovnog odlaska lokalnih Srba nije bio topnički napad hrvatskih snaga na civile, kako je to utvrdilo prvostupanjsko vijeće u presudi Gotovina - Markač nego odluka lokalnog vodstva u tzv. krajini. Te dokaze od službenog Beograda sada potražuju obrane generala Ante Gotovine i Mladena Markača.
Perišić je u pritvor haaškoga suda dobrovoljno stigao 7. ožujka 2005. godine, a do početka suđenja 2. listopada 2008. godine, vrijeme je proveo na privremenoj slobodi.