Hadžić je, navodi se u novoj optužnici, od lipnja 1991. do kraja 93. godine bio najviše rangirana osoba u tzv. SAO krajinama te je obavljao i dužnost predsjednika tzv. SAO Krajine. Iz toga je proizlazila, kažu tužitelji, njegova puna kontrola nad vojnim snagama koje su djelovale na okupiranim područjima Hrvatske kao i nad političkim strukturama pobunjenih Srba. Stoga je, ističe tužiteljstvo, odgovoran za osmišljavanje i naređivanje zločina, poticanje podređenih na počinjenje, a odgovoran je i za propuste u spriječavanju zločina i propuste kažnjavanja počinitelja.
Haaško je tužiteljstvo proširilo i razdoblje u kojem je djelovao udruženi zločinački pothvat za više od dvije godine pa sada obuhvaća razdoblje od 1. travnja 1991. godine do najmanje 31. prosinca 1995. godine.
Tužiteljstvo je proširilo i krug osoba koje su vodile udruženi zločinački pothvat pa su tako uz ranije navedene bivšeg jugoslavenskog predsjednika Slobodana Miloševića, vođu pobunjenih Srba Milana Martića, prve ljude srbijanskog SDB-a Jovicu Stanišića i Franka Simatovića, vođu srpskih radikala Vojislava Šešelja, vođu srpskih paravojnih snaga Željka Ražnjatovića Arkana te srpskog policijskog generala Radovana Stojičića u novoj optužnici i Hadžićev prethodnik Milan Babić, bivši jugoslavenski ministar obrane Veljko Kadijević, načelnik Generalštaba oružanih snaga SFRJ Blagoje Adžić, bivši savezni ministar policije Radmilo Bogdanović te ravnatelj savezne carine Mihalj Kertes.
Dok je u staroj verziji optužnice kao cilj udruženog zločinačkog pothvata navedeno stvaranje jedinstvene države pod srpskom dominacijom to je u prijedlogu izmijenjene optužnice izostavljeno te se navodi da je cilj trajno uklanjanje većine hrvatskog i i nesrpskog stanovništva iz velikih dijelova Hrvatske.
U izmijenjenoj optužnici prošireno je razdoblje koje pokriva 14 točaka optužnice protiv Hadžića pa je umjesto razdoblja od kolovoza 1991. do lipnja 92. obuhvaćeno razdoblje od lipnja 91. do konca 93. godine.
Iz nove verzije optužnice izostavljena je tvrdnja o Hadžićevu osobnu sudjelovanju u ubijanju zatočenika u Dalju.
Hadžić je uhićen u srijedu u Srbiji a u petak je prebačen u pritvor Haaškoga suda. Za ponedjeljak je zakazano njegovo prvo pojavljivanje pred sudom na kojem bi se trebao izjasniti o krivnji po optužnici.
Hadžića je Haaški sud optužio 2004. po 14 točaka optužnice za zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja počinjene ubojstvima stotina i progonom tisuća Hrvata s okupiranih područja Hrvatske tijekom Domovinskog rata, te za niz drugih zločina.
Hadžića se tereti da je bio sudionik udruženog zločinačkog pothvata na čelu sa Slobodanom Miloševićem, čiji je cilj bio da se činjenjem zločina nasilno i trajno uklone Hrvati i drugo nesrpsko stanovništvo s jedne trećine hrvatskog teritorija koju su pod okupacijom držali pobunjeni Srbi uz pomoć Beograda. Po optužnici, "gotovo sve hrvatsko i nesrpsko stanovništvo toga područja bilo je nasilno preseljeno, protjerano ili ubijeno". Konačni cilj pothvata prema izvornoj optužnici bilo je stvaranje jedinstvene države pod srpskom dominacijom.