Hadžića ICTY u 14 točaka tereti za zločine protiv čovječnosti i kršenje ratnog prava i običaja počinjenih progonom Hrvata i drugih nesrba, istrjebljenjem i ubojstvima, pritvaranjem, mučenjem, nehumanim postupcima, deportacijama, bezobzirnim uništavanjem sela, vjerskih i kulturnih objekata te pljačkom imovine. Optužen je, među ostalim, i za pokolj na Ovčari gdje je strijeljano 250 Hrvata izvedenih iz vukovarske bolnice 1991. Optužnica ga tereti "za sudjelovanje u udruženom zločinačkom pothvatu u Hrvatskoj od lipnja 1991. do prosinca 1993. na čijem čelu je bio Slobodan Milošević, a čiji je cilj bio prisilno i trajno uklanjanje nesrpskog stanovništva s približno trećine teritorija Hrvatske, i progone i ubojstva Hrvata i drugih neSrba u Vukovaru, Dalju, Erdutu, Lovasu i selu Klisa".
Županijsko tužiteljstvo u Vukovaru je 22. veljače 2003. podiglo optužnicu protiv deset osoba iz vrha bivše JNA i civilnih vlasti tzv. RSK, među kojima je i Goran Hadžić, za zločine u Vukovaru 1991. godine.