Rusija također mora platiti 14.543 eura za troškove suđenja. Predstavnik Rusije na sudu u Strasbourgu odmah po izricanju presude najavio je žalbu. Sud je u postupku odbacio neke zahtjeve obrane, poput "tvrdnje da se radi o politički motiviranom procesu" protiv Hodorkovskog.
Europski sud smatra da su u slučaju Hodorkovskog ruske vlasti prekršile članak 3. Europske konvencije o ljudskim pravima koji se odnosi na zabranju mučenja i članak 5. koji se odnosi na pravo na slobodu i sigurnost, posebice imajući na umu "trajanje njegovog pritvora tijekom istražnog postupka".
Hodorkovski i njegov suradnik Platon Lebedev osuđeni su prošle godine za krađu 218 milijuna tona nafte iz tvrtke Jukosa, na suđenju koje je izazvalo veliku pozornost međunarodne javnosti zbog sumnje da je riječ o politički motiviranu procesu. Njih su dvojica još 2005. osuđena zbog prijevare i utaje poreza, a zatim im je na drugom suđenju, godinu dana prije predviđena izlaska iz zatvora, zatvor produljen do 2016.
Optužbe za pronevjere i izbjegavanje plaćanja poreza Hodorkovski ustrajno odbacuje kao lažne, tvrdeći kako je žrtva montiranog procesa kojim se htjelo razbiti njegovo poslovno carstvo i uništiti društveni utjecaj. Svoje negdašnje golemo bogatstvo Hodorkovski je počeo stjecati ranih 90-ih godina prošlog stoljeća kupujući pod nerazjašnjenim okolnostima državne tvrtke, među kojima i naftni koncern Jukos, koji je pod njegovim vodstvom u jednom trenutku proizvodio više nafte nego zemlja članica OPEC-a Katar.
U početku proteklog desetljeća počeo se javno zauzimati za transparentnost u ruskom poslovnom svijetu, ozloglašenu po korumpiranosti. Političke ambicije su mu porasle i počeo je financirati rusku političku oporbu i nevladine udruge, pa je na sebe navukao bijes tadašnjeg predsjednika, a današnjeg premijera Vladimira Putina
Međutim, Europski sud za ljudska prava u današnjoj presudi kaže da "njegovi navodi da su optužbe motivirane političkim razlozima nisu poduprte neospornim dokazima".