Mladića, koji je tijekom rata za hrvatsku samostalnost promaknut u čin general pukovnika, po najgorim zločinima pamte stanovnici kninskog, zadarskog i šibenskog područja. Simbol etničkog čišćenja u Hrvatskoj postao je nakon napada snaga JNA na Kijevo, većinsko hrvatsko mjesto nedaleko Knina, pokolja civila u Škabrnji te prijetnji da će srušiti branu i hidroelektranu u Peruči.
Upravo zbog tih zločina, s obzirom da je bio u bijegu, protiv njega je raspisana tjeralica koja se i dalje nalazi na stranicama Ministarstva unutarnjih poslova pod opaskom da se traži zbog ratnog zločina protiv civilnog stanovništva.
Naime, temeljem optužnice Županijskog državnog odvjetništva u Šibeniku iz svibnja 1991. tadašnji Okružni sud u Šibeniku je u srpnju 1992. Mladića i još šest osoba osudio na zatvorsku kaznu od 20 godina. Na teret mu se stavljalo da je u kolovozu 1991. počinio zločine protiv civilnog stanovništva u Kijevu i Vrlici, od kolovoza do studenog iste godine napadao Sinj i okolicu, u rujnu 1991. Maljkovo, Potravlje, Šatrić i Dabar te područje Šibenika u rujnu 1991.
U prosincu 1995. županijsko državno odvjetništvo Mladića i još tri također odbjegle osobe optužilo je da su 1991. isplanirali i u siječnju 1993. organizirali rušenje brane i hidroelektrane Peruča, s ciljem potpunog potapanja civilnih i gospodarskih objekata te time ugrožavanja nastanjenih stanovnika nizvodno brane i rijeke Cetine u Sinju, Trilju i Omišu.
Deset godina kasnije, u veljači 2005. na Županijski sud u Zadru došla su i dva zahtjeva za proširenje istrage protiv Mladića za ratni zločin protiv civila u Škabrnji, koja je uz Vukovar postala najveći simbol stradanja Hrvata u Domovinskom ratu.
Zahtjevima se proširio prvotni istražni zahtjev podnijet protiv dvadeset osoba osumnjičenih za ratni zločin protiv civila u Škabrnji, a svih je dvadeset osoba kasnije optuženo i Županijski sud u Zadru u prosincu 1995. osudio ih je u odsutnosti na kazne zatvora u trajanju od deset do dvadeset godina.
Prvim zahtjevom Mladića se tereti i da je u prosincu 1991. zapovjedio napade na Zadar, a drugim da je od listopada 1991. do prosinca 1992. naredio napade na Donji Zemunik, Zadar, Posedarje, Slivnicu Donju i Gornju, Pridragu, Rupalj, Galovac, Kali na otoku Ugljanu.
Nakon Sarajevskog primirja kojim je 1992. zaustavljena agresija na Hrvatsku Mladić je iz Knina premješten u Sarajevo za načelnika stožera Komande Druge armijske oblasti nakon čega postaje zapovjednikom glavnog stožera štaba Vojske Republike Srpske.
Međunarodnom kaznenom sudu za bivšu Jugoslaviju koji Mladića zbog zločina u BiH među ostalim tereti i za najteži oblik ratnog zločina - genocid - Hrvatska je još sredinom 2003. predala preslike svih spisa o njegovim nedjelima počinjenima tijekom Domovinskog rata.