Sudsko vijeće prod predsjedanjem suca Davorina Jukića ranije je prihvatilo sporazum o priznanju krivnje kojega je Handžić sklopio s državnim odvjetništvom BiH i u kojemu je predloženo izricanje kazne u rasponu od pet do deset godina zatvora.
U presudi je precizirano kako je Handžić kriv jer je u svojstvu pomoćnika za sigurnost zapovjednika 307. brigade Armije BiH organizirao slanje zatočenih Hrvata u Bugojnu na kopanje rovova na prvim crtama bojišnice, te stoga što nije poduzeo ništa kako bi se kaznili drugi pripadnici Armije BiH koji su izravno ubijali i zlostavljali zatočene civile i pripadnike Hrvatskog vijeća obrane (HVO).
Na temlju dokaznog postupka sud je utvrdio kako su vojnici podređeni Handžiću ubili Marija Subašića i Vinka Ivkovića, koji su bili zatočeni u lokalnoj osnovnoj školi, a utvrđeno je kako je niz sličnih zločina počinjen i nad Hrvatima zatočenima na nogometnom stadionu.
Handžić je za ratne zločine nad bugojanskim Hrvatima bio optužen zajedno sa Nisvetom Gasalom, Musajbom Kukavicom i Senadom Dautovićem, bivšim visokim vojnim i policijskim časnicima čije su postrojbe kontrolirale stanje u Bugojnu 1993. godine.
Handžić se priznanjem obvezao svjedočiti u nastavku procesa protiv te trojice, a u tom slučaju kao svjedoci su se pojavili i ratni načelnik Bugojna Dževad Mlaćo te sadašnji ministar obrane BiH Selmo Cikotić koji je tijekom rata bio zapovjednik operativne skupine "Zapad" Armije BiH i u čijoj je zoni odgovornosti bilo i Bugojno.
Hadžić je u svom priznanju naveo kako su zatočeni Hrvati odvođeni na kopanje rovova upravo po nalogu i uz dopuštenje ratnog predsjendištva Bugojna te zapovjedništva operativne skupine "Zapad".
Protiv njih za sada nije podignuta nikakva optužnica.
"Strašno je to što je on (Handžić) sve otkrio u svom priznanju. O tome će se tek čuti", kazao je Handžićev odvjetnik Fahrija Karkin.
Cjelokupni Handžićev iskaz ostao je zaštićen zbog interesa istrage, no njegovo je priznanje krivnje već dovelo do prvih naznaka o tome gdje bi mogla biti pokopana tijela nekih od više desetaka Hrvata iz Bugojna koji se i danas vode kao nestali, a pretpostavlja se kako su ubijeni nakon zarobljevanja.
Enesu Handžiću je po izricanju presude odmah određen pritvor u kojemu će ostati do pravomoćnosti.