Tijekom svečanosti dobrodošlice u zračnoj luci, Papa će održati svoj prvi govor. U 12,15 sati na programu je kurtoazni posjet predsjedniku Republike Hrvatske Ivi Josipoviću u Uredu predsjednika u Zagrebu. Nakon toga u Apostolskoj nuncijaturi u Zagrebu Benedikt XVI. primit će predsjednicu hrvatske Vlade Jadranku Kosor. U 14 sati je ručak sa članovima pratnje, također u nuncijaturi.
Susret Pape s predstavnicima civilnog društva, svijeta politike, znanosti, kulture i poduzetništva, diplomatskog zbora te vjerskim predstavnicima održat će se u Hrvatskome narodnom kazalištu u Zagrebu u 18,15 sati. Sat vremena kasnije, u 19,30 sati, na zagrebačkom Trgu bana Jelačića započet će bdijenje s mladima.
Drugog dana pohoda, u nedjelju, 5. lipnja, na zagrebačkom Hipodromu, Papa će u 10 sati predvoditi misu u povodu Nacionalnog dana hrvatskih katoličkih obitelji i na kraju mise predvoditi molitvu Kraljice neba.
U 14 sati je ručak s hrvatskim biskupima, biskupima gostima i članovima Papine pratnje u novom sjedištu Hrvatske biskupske konferencije u Zagrebu.
Papa će zatim u 17 sati slaviti Večernju s biskupima, svećenicima, redovnicima, redovnicama, bogoslovima i sjemeništarcima te se pomoliti na grobu blaženog Alojzija Stepinca u katedrali u Zagrebu.
U 18,15 sati posjetit će Nadbiskupski dvor u Zagrebu. U 19,15 sati je svečanost oproštaja u zračnoj luci Pleso u Zagrebu. Polazak Papinog zrakoplova iz zagrebačke Zračne luke Pleso predviđen je za 19,45 sati, a dolazak u Rim u 21,15 sati.