Tužiteljstvo tereti Šešelja da je, zajedno s drugim sudionicima zločinačkog pothvata predvođenog bivšim jugoslavenskim predsjednikom Slobodanom Miloševićem, pokušao uspostaviti novu srpsku državu na dijelovima Hrvatske, BiH i same Srbije kroz progon pod patronatom države, koji je uključivao ubojstva, deportacije, zlostavljanja, pljačku i uništavanje imovine Hrvata i muslimana.
Optužen je za zločine protiv čovječnosti u BiH i Hrvatskoj, a posebno za masakre na Ovčari i u Voćinu te progon Hrvata iz Vojvodine. Ideju 'velike Srbije' sa zapadnom granicom Virovitica-Karlovac-Karlobag zagovarao je u javnim nastupima, a svojom je ekstremnom retorikom mobilizirao i poticao na progon Hrvata i muslimana ne samo sebi podređene stranačke dobrovoljačke oružane jedinice, nego i druge srpske snage, smatra tužiteljstvo.
Tužiteljstvo je kao dokaze uvelo niz njegovih huškačih govora i snimke obilazaka, u odori ili civilu, srpskih dobrovoljačkih postrojbi koje je poticao da haraju i čine zločine u Hrvatskoj i BiH. Šešelj na tim snimkama objašnjava kako je mobilizirao dobrovoljce Srpske radikalne stranke i upućivao ih u "srpske zemlje" u Hrvatskoj i BiH.
Među govorima mržnje koji su prikazani u sudnici su i njegovi govori iz 1991. godine - od plitvičkog govora u kojem je najavio da će se "kotrljati glave" preko mitinga u baranjskom Jagodnjaku na kojem je govorio da je to srpska zemlja, do govora u skupštini Srbije potkraj '91. u kojem je pozvao na razmještanje JNA na granice "velike Srbije", zauzimajući se za obračun s Hrvatskom ako treba i napalm bombama i bez obzira na eventualne civilne žrtve. Obrana granica "velike Srbije" na području Hrvatske bila je važnija "nego bojati se hoće li pritom pasti neke slučajne žrtve - pa "tko im je kriv - htjeli su rat, imaju rat", kazao je tada Šešelj u Skupštini Srbije. U Vukovaru, pak, poručio je da "nijedan ustaša ne smije živ otići iz Vukovara", a kako su tužitelji istaknuli - njegovi dobrovoljci "napravili su upravo ono što je Šešelj govorio".
Tijekom dokaznog postupka, koji je uz prekide trajao od prosinca 2007. godine, tužitelji su kao svjedoke izveli brojne žrtve, uključujući preživjele masakra na Ovčari i u Voćinu u kojem su sudjelovali Šešeljevi dobrovoljci, kao i prognane Hrvate iz vojvođanskog mjesta Hrtkovci koji su nakon njegova govora u Skupštini u Beogradu u travnju 1992. kada se založio za progon Hrvata iz Vojvodine te njegova mitinga u Hrtkovcima u svibnju '92. na kojem je čitan popis Hrvata i Mađara koji moraju otići, počeli iseljavati u strahu i uz prijetnje. Iz Hrtkovaca je odselilo oko 700 od 1000 Hrvata.
Dokazujući njegovu odgovornost za vukovarske zločine, tužitelji su kao svjedoke izveli i Šešeljeve dobrovoljce i pripadnike srpskih snaga koji su opisali kako su dobrovoljci Srpske radikalne stranke sudjelovali u zločinima nad Hrvatima, te kako ih je Šešelj tijekom obilaska za vrijeme borbi za Vukovar ohrabrivao da ustraju i sam pucao na hrvatske snage.
O zločinu na Ovčari i progonu Hrvata na njegovu suđenju govorili su i tadašnja ravnateljica vukovarske bolnice Vesna Bosanac, forenzičar Davor Strinović koji je svjedočio o ekshumacijama na Ovčari i psihologinja Višnja Bilić iz Uprave hrvatske vlade za zatočene i nestale koja je govorila o potrazi za žrtvama rata u Hrvatskoj. Ravnateljica Uprave za državnu skrb Ana Marija Radić govorila je o progonu Hrvata, uključujući i one iz Vojvodine.
Dokazujući masakr u Voćinu u kojem je u prosincu 1991. ubijeno više od 40 Hrvata, svjedoci, neki i pripadnici Šešeljevih dobrovoljaca opisali su kako je Šešelj u studenome 1991. u Voćinu ohrabrivao svoje dobrovoljce, a hrvatski policajac Đuro Matovina posvjedočio je kako je i istraga tada pokazala da su u zločinu sudjelovali "Šešeljevci". Stanovnici Voćina opisivali su dolazak srpskih dobrovoljaca i zlostavljanja Hrvata koja su prethodila masakru, kao i svoj bijeg iz Voćina.
Tužiteljstvo je izvelo i nekoliko eksperata koji su analizirali njegovu ideologiju stvaranja velike Srbije, te njegovih gotovo 400 govora i javnih nastupa od 1991. do 1994. u kojima je zagovarao nasilje nad drugim narodima.
Suđenje je započelo koncem 2006. bez njegove nazočnosti jer je štrajkao glađu, a ponovljeno je godinu dana kasnije nakon što je Žalbeno vijeće naložilo ponovni početak suđenja na kojem je odobrilo da se Šešelj brani sam. Suđenje je obilježeno stalnim prekidima, kontinuiranim svađama oko financiranja Šešeljeve obrane, njegovim zahtjevima za izuzećem sudaca zbog pristranosti, kao i zahtjeva za istragom tužitelja na čelu s Carlom del Ponte za koje je tvrdio da su zastrašivali svjedoke koji su trebali nastupati kao svjedoci optužbe no u međuvremenu su se predomislili i odlučili svjedočiti za Šešelja. Zbog njegovih tvrdnji da ga se truje u pritvoru sud je do sada proveo testove krvi na dvije tisuće potencijalnih otrova koji su svi bili negativni.