Sadam Husein bio je u bijegu od početka vojne akcije u Iraku a 13. prosinca 2003. pronađen je u jednom podrumu u blizini Tikrita, njegova rodnog mjesta. Irački diktator nije pružao otpor pri uhićenju, a ponižavajuće slike njegova uhićenja obišle su svijet.
Nakon uhićenja, Sadam Husein je boravio u zatvoru sve do 1. srpnja 2004. kada se prvi put pojavio pred specijalnim iračkim sudom gdje je odbio potpisati dokumente koji su mu predočeni.
Istražni sudac tada je pročitao optužni prijedlog s popisom kaznenih djela za koja se Husein teretio da ih je počinio tijekom 35 godina koliko je vladao Irakom - za "zločine protiv čovječnosti" tijekom ubijanja Kurda (1988.), gušenja šiitske pobune (1991.), rata protiv Irana (1980-1988.) i invazije Kuvajta (1990.)
Sadam Husein bio je prvi predsjednik jedne arapske zemlje kojem se u zemlji sudilo za zločine protiv vlastitog naroda. On je na suđenju negirao legitimitet suda, a sebe i dalje prikazivao kao predsjednika države. Suđenje je bilo obilježeno brojnim Sadamovim štrajkovima glađu i brojnim odgodama suđenja. Bivši irački diktator u više je navrata štrajkao glađu, tijekom procesa ubijena su trojica njegovih branitelja i jedan njihov pomoćnik, a prvi sudac bio je smijenjen zbog pristranosti.
Sadam Husein je 5. studenoga osuđen na smrtnu kaznu, a ta je presuda izazvala brojne reakcije u Iraku i svijetu.