Crkva je stoljećima bila glavno okupljalište kršćana, prije nego što je Carigrad, današnji Istanbul, 1453. osvojila muslimanska vojska. Aja Sofija je do 1935. bila džamija, a zatim je za vrijeme vladavine sekularnih turskih reformatora koji su udarili temelje modernoj Turskoj na ruševinama Otomanskog carstva pretvorena u muzej.
Mjere sigurnosti bile su iznimno jake, a na obližnjim minaretima postavljeni su brojni snajperisti.
Benedikt XVI. drugi tijekom posjeta Istanbulu posjetio je i Plavu džamiju, postavši tako drugi rimski katolički poglavar koji je ušao džamiju. Prvi je bio Ivan Pavao II. koji je to učinio 2001. Njegov posjet džamiji promatrači vide kao još jednu gestu prema pokušaju izmirenja Svetog Oca s muslimanima, nakon što ih je razbjesnio izjavama o tomu da je islam nasilan i iracionalan. Nakon toga je više puta istaknuo kako to nije njegovo stajalište o muslimanskoj vjeri.