Optužnicu protiv Stankovića prvobitno je podigao Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju (ICTY) zbog zločina počinjenih protiv bošnjačkih civila na području općine Foča 1992. i 1993. godine.
Njega su 2002. godine u BiH uhitili pripadnici tadašnjeg SFOR-a te su ga prebacili u Den Haag.
Stankovićev slučaj bio je prvi od pet predmeta koje je ICTY do sada prepustio Sudu BiH.
S obzirom da je Stanković osim za ubojstva i zlostavljanja zarobljenih civila bio optužen i za seksualna zlostavljanja maloljetnih bošnjačkih djevojaka u posebnom zatvoru, veći broj svjedoka i žrtava tih nedjela iskaz je dao na zatvorenim raspravama.
Sam Stanković odbio je surađivati tijekom suđenja a u nekoliko je navrata izravno vrijeđao suce i tužitelja kao i odvjetnike.
Udruga koja okuplja bošnjačke žene-žrtve rata odmah po izricanju presude iskazala je nezadovoljstvo visinom kazne.
Predsjednica udruge "Žene žrtve rata" Bakira Hasečić izjavila je da bi jedino dugotrajni zatvor od najmanje 30 godina bio pravedna kazna u ovom slučaju. Ona je ujedno najavila podnošenje žalbe te udruge na prvostupanjsku presudu.