Ljubičić je temeljem odluke Međunarodnog kaznenog suda za bivšu Jugoslaviju (ICTY), koji ga je optužio za ratne zločine, zrakoplovom prebačen iz pritvora haškog tribunala u Scheveningenu a u sarajevskoj zračnoj luci preuzela ga je pravosudna policija BiH.
Ljubičić se nakon višegodišnjeg skrivanja predao Haškom tribunalu u studenome 2001. godine a odluku o ustupanju njegova slučaja Sudu BiH Haški je tribunal donio u travnju ove godine unatoč protivljenju obrane i samog optuženika.
Tijekom rata u BiH on je obnašao dužnost zapovjednika 4. bojne vojne policije Hrvatskog vijeća obrane (HVO) sa sjedištem u Vitezu.
Optužen je da je kao pripadnik vojne policije 1992. i 1993. godine sudjelovao u progonu Bošnjaka na području Busovače i Viteza.
Na teret mu se stavlja i sudjelovanje u ubojstvu 116 Bošnjaka u selu Ahmići počinjenom u travnju 1993. godine.