Nowotny je član "Apotekara" već deset godina i poželio je promjenu. "Pokušali smo ga zadržati u klubu, no nakon razgovora smo shvatili da želi promjenu i prijateljski smo se rastali," poručio je sportski direktor Bayera, Rudi Voeller.
Tijekom karijere Nowotny je igrao i za Karlsruher SC, Germania Friedrichstal i SV Spielberg, dok je u dresu nacionalne vrste prikupio 45 nastupa.