Hadžihasanović (55) i Kubura (42) oslobođeni su odgovornosti za zločine koje su mudžahedini iz arapskih zemalja počinili nad hrvatskim i srpskim civilima i zarobljenim vojnicima u srednjoj Bosni 1993., jer je raspravno vijeće zaključilo kako tužitelji nisu dokazali da su mudžahedinske snage bile podređene 3. korpusu Armije BiH, sve do 12. kolovoza 1993. kada je osnovana postojba "El Mudžahid" i uključena u sastav tog korpusa.
Na temelju toga Hadžihasanović i Kubura oslobođeni su krivnje za većinu optužbi za kršenja ratnog prava i običaja, uključujući i najteže zločine iz optužnice kao što je pokolj u selu Maline kod Travnika 8. lipnja 1993. kada su mudžahedini ubili 24 zarobljena hrvatska civila i pripadnika HVO-a, uključujući i jednu djevojku.
Oslobođeni su i za optužbe za ubojstvo četvorice Hrvata iz sela Miletići 24. travnja 1993. koji su pronađeni unakaženi, ruku vezanih na leđima i prerezanih vratova, iz kojih je krv skupljana u jednu kantu.
Hadžihasanović je oslobođen optužbi po pet od sedam točaka optužnice, a "proglašen je krivim jer nije poduzeo nužne i razumne mjere kako bi spriječio ili kaznio" okrutno postupanje prema oko 250 Hrvata koje je u srpnju i kolovozu 1993. Armija BiH držala zatočene na šest lokacija u Bugojnu, te oko 100 u Muzičkoj školi u Zenici. Zatočenici su držani u nehumanim uvjetima, izgladnjivani, zlostavljani i okrutno premlaćivani, a neki su i podlegli batinama kao što su Mario Zrno i Mladen Havranek u Bugojnu.
Također je proglašen krivim za "ritualno ubojstvo odsjecanjem glave sjekirom" zarobljenog Dragana Popovića 21. listopada 1993. u mudžahedinskom logoru u selu Orašcu, u dolini Bile.
Amir Kubura, zapovjednik 7. muslimanske brigade 3. korpusa Armije BiH oslobođen je krivnje za šest od sedam točaka optužbe i proglašen krivim samo za "neobuzdane pljačke" koje su njegovi vojnici počinili u selima općina Zenica i Travnik u ljeto 1993., te Varešu i okolici u studenom iste godine.
Predsjedavajući sudac Jean-Claude Antonetti rekao je da će im u presude biti uračunata 828 dana provedena u pritvoru.
Budući da su proveli u pritvoru 828 dana - nešto više od dvije godine i tri mjeseca - drugooptuženom Kuburi je do punog odsluženja kazne ostalo nešto manje od tri mjeseca, a Hadžihasanoviću dvije godine i devet mjeseci zatvora. No kako se haški optuženici obično oslobađaju nakon izdržane dvije trećine kazne, Kuburini branitelji mogu podnijeti zahtjev da on bude oslobođeni odmah, a Hadžihasanovićevi će to moći učiniti u travnju 2007. godine.