Munoz je na klupu Panathinaikosa stigao u listopadu 2006. godine, ali zbog promjenjivih rezultata atenski zeleni zauzeli su tek treće mjesto u prvenstvu, ali otkaza ga je koštao poraz u finalu Kupa od slabašne Larisse.
Prema klupskim izvorima, Munozov nasljednik, šesti trener Panathinaikosa u posljednje tri godine, trebao bi postati Portugalac Jose Peseira, koji je ranije u svojoj karijeri vodio Sporting iz Lisabona.