Pasteur Bizimungu osuđen je 2004. na 15 godina zatvora zbog poticanja etničkog nasilja. Kritičari su to suđenje proglasili političkim. Osuđen je za stvaranje milicije, pronevjeru državnoga novca i poticanje na etničko nasilje u zemlji koja se tek oporavljala od genocida.
Bizimungu je pripadnik plemena Hutua, a imenovan je na mjesto predsjednika kad je Ruandska patriotska fronta (RPF) kojom su dominirali pripadnici plemena Tutsija preuzela vlast nakon genocida 1994.
U genocidu su ekstremisti iz većinskoga plemena Hutua poubijali osamsto tisuća pripadnika Tutsija i umjerenih Hutua.
Današnji predsjednik Paul Kagame, čija je ruandanska patriotska armija završila stodnevni pokolj, bio je tada potpredsjednik, ali je i tada imao veću moć od svoga nadređenog.
"Želim zahvaliti predsjedniku za pomilovanje. Iznenadio me", reko je novinarima Bizimungu kad je odjeven u odijelo s kravatom izašao iz zatvora.
Kagame nije obrazložio odluku o pomilovanju.
"Na temelju svoga ustavnog prava na odluku o pomilovanju, predsjednik Paul Kagame danas je pomilovao g. Pasteura Bizimungua i poništio mu ostatak zatvorske kazne", pisalo je u službenom priopćenju.
Suradnja između Bizimungua koji je Hutu i Tutsija Kagamea bila je zamišljena kao simbol poslijegenocidne pomirbe.
No njihovi su se odnosi pokvarili, a u ožujku 2000 Bizimungu je podnio ostavku zbog neslaganja s visokim dužnosnicima RPF-a oko sastava nove vlade. Uhićen je 2002.
Nakon što je osuđen, žalio se i tražio da se presuda promijeni jer je, tvrdio je, bila politički motivirana. Žalba je odbijena 2006. Poslije je Kagameu poslao pismo u kojem je tražio milost i oslobađanje koje bi, napisao je, "bilo za dobrobit države".
Organizacije za zaštitu ljudskih prava tvrdile su u vrijeme suđenja da su i uhićenje i proces politički motivirani, a o Kagameu se i prije govorilo da neistomišljenike hapsi i optužuje za poticanje na etničko nasilje.