Optužnica ih tereti da su nakon pada Vukovara u studenome 1991. godine naredili i organizirali izvođenje oko 300 osoba iz vukovarske bolnice koji su odvedeni u vojarnu JNA, a potom na poljoprivredno dobro Ovčara, gdje su ih pripadnici lokalnih srpskih snaga i šešeljevih postrojbi pogubili. U masakru je pobijeno 260 osoba.
Uz preživjele s Ovčare, zatim ravnateljicu vukovarske bolnice Vesnu Bosanac, bivšeg šefa kirurgije u toj bolnici Juraja Njavru, bivšu glasnogovornicu haškog tužiteljstva Florence Hartmann koji su svjedočili za tužiteljstvo, na suđenju koje je započelo koncem 2005., svjedočila su i dvojica optuženih - major Šljivančanin i kapetan Radić.
Šljivančanin je osporavao tvrdnje da je 20. studenoga 1991. osobno zapovijedao evakuacijom vukovarske bolnice i da je osigurao razdvajanje ranjenika i bolesnika od navodnih pripadnika hrvatskih snaga. Također je tvrdio da nije bio u vojarni JNA u koju su ti zatočenici dovedeni iz bolnice, niti na Ovčari gdje su nakon toga pogubljeni. Šljivančanin je kazao kako su do njega došle "glasine" o pokolju 250 osoba, ali je vjerovao da se radi o "dezinformacijama". On je također, zajedno sa svojim svjedocima, tvrdio da nikad nije onemogućio ulazak u bolnicu predstavnicima promatračke misije Europske zajednice i Međunarodnog crvenog križa.
Radić je, pak, tvrdio da bi - da je znao tko je počinio zločin na Ovčari - počinitelje kaznio. On je zajedno sa svojim svjedocima također tvrdio da nije sudjelovao u evakuaciji i razdvajanju zatočenih iz bolnice, niti da je zapovijedao pripadnicima Teritorijalne obrane Vukovara i "šešeljevcima".
Mrkšićevi branitelji odabrali su obranu alibijem - da je u noći masakra na Ovčari 20./21. studenoga 1991. godine Mrkšić bio u Beogradu, a ne na zapovjednom mjestu u Negoslavcima, što je kao prvi svjedok Mrkšićeve obrane tvrdila i njegova supruga Đurđica.
Tužiteljstvo tvrdi da je Mrkšić bio izviješten o zlostavljanjima zarobljenika u hangaru nedaleko Ovčare, što su uz svjedoke tužiteljstva - ne jednom potvrdili i svjedoci Šljivančaninove obrane.