Također, osjećaju se diskriminirani u odnosu na druge vjerske zajednice u Republici Hrvatskoj s kojima je Vlada potpisala ugovore o suradnji a što ove vjerske zajednice nemaju, istaknuto je na današnjoj konferenciji za novinare.
Govoreći u ime ovih tri vjerskih zajednica Mario Dučić iz Crkve cjelovitog evanđelja ustvrdio je da u Hrvatskoj postoje četiri kategorije vjerskih zajednica, unatoč ustavnom određenju o ravnopravnosti.
"Katolička crkve je kategorija za sebe i to zahvaljujući ugovoru Republike Hrvatske i Vatikana", rekao je Dučić. Po njegovu mišljenju u drugu kategoriju spadaju razne vjerske zajednice koje imaju potpisane ugovore s Vladom RH dok u treću spadaju one koje su registrirane ali nemaju ugovor dok u četvrtu spadaju one koje nisu još ni registrirane.
Jasmin Milić iz Protestantske reformirane kršćanske crkve smatra da iako je zakon jasno propisao koja vjerska zajednica ima pravo na registraciju i ugovor, te odredbe ne provode se u potpunosti u praksi.
Kao primjer naveo je da je Vlada potpisala ugovor s npr. Makedonskom ili Bugarskom pravoslavnom crkvom iako one ne zadovoljavaju kriterije iz zakona, no, kako je kazao, "to je obavljeno uz malo dobre volje". "Nemamo ništa protiv toga da su one potpisale ugovor ali pitamo se zašto ta mogućnost nije data i nama", dodao je Jasmin Milčić.
Predstavnici vjerskih zajednica Crkve cjelovitog evanđelja, Saveza Crkava "Riječ života te Protestantske reformirane kršćanske crkve smatraju da tajnik Komisije za odnose s vjerskim zajednicama Franjo Dubrović birokratski i nekompetentno obavlja svoj posao i da koči rad manjim vjerskim zajednicama te kontakt s višim državnim dužnicima od kojih su neki i članovi Komisije.
Te vjerske zajednice podnijele su Ustavnom te Upravnom sudu tužbe zbog odbijanja Vlade RH da potpiše ugovor s njima.