Shanley je proglašen prošloga tjedna krivim za silovanje i napastovanje dječaka tijekom 1980-tih dok je bio svećenik u župi na području Bostona.
Njega je tužio 27-godišnji vatrogasac iz Bostona koji je na suđenju svjedočio da ga je Shanley počeo seksualno napastovati 1983. kada je imao šest godina te da se to nastavilo tijekom šest godina. Prema njegovom svjedočenju bivši svećenik bi ga zadržao nakon nedjeljnog katekizma i silovao ga u prostorijama crkve.
Shanley je jedan od nekoliko američkih svećenika koji se zbog seksualnog skandala suočio s optužbama na sudu. Većina drugih izbjegla je kazneni progon zbog zastare.
Skandal oko seksualnog zlostavljanja katoličkih svećenika izbio je u Bostonu 2002. kada je tadašnji nadbiskup kardinal Bernard Law priznao da je svećenika pedofila Johna Geoghana prebacivao iz župe u župu ma da su postojali dokazi da je on seksualno zlostavljao djecu. Geoghan je osuđen i kasnije ga je u zatvoru ubio drugi zatvorenik.
Law je u prosincu 2002. zbog seksualnog skandala s katoličkim svećenicima dao ostavku na mjesto nadbiskupa.