Pavliha na svom predstavljanju nije uspio uvjeriti odbor zadužen za davanje mišljenja o prikladnosti kandidata – koji moraju imati potrebne kvalifikacije te čija neovisnost mora biti neupitna, kako je stipulirano ugovorom o funkcioniranju EU – da je dobar odabir. Razlog službeno nije poznat, ali Večernji list iz izvora iz Bruxellesa doznaje kako je odbijenica došla jer je Pavliha navodno bio uključen u pripremu slovenske tužbe protiv Hrvatske zbog neprimjene arbitraže koji je Ljubljana uputila na Sud EU.
Slovenski mediji pišu kako je na adresu odbora stiglo i anonimno pismo u kojem se upozorava na Pavlihove izjave vezane za Hrvatsku, navodi dnevnik.
Nakon što je Hrvatska istupila iz arbitraže zbog slovenskih makinacija, spominjao je mogućnost da se spor riješi na nekoj drugoj međunarodnoj pravnoj instituciji, uz pomoć posrednika ili razgovorom premijera, no otkad je sud donio odluku inzistira na njezinoj provedbi. Tako je krajem 2017. kazao kako "nema ništa pogrešno u tome da se prema susjedi ili prijatelju u krajnjoj liniji iskoriste neka sudska sredstva, između kojih je jedna mogućnost tužba".
Tužba za koju se zalagao naposljetku i jest pokrenuta pred Sudom EU i sada se čeka početak postupka. U siječnju 2018. godine taj bivši ministar prometa u vladi Antona Ropa 2004. te bivši član liberala, socijaldemokrata i stranke Gregora Viranta te potpredsjednik slovenskog parlamenta, kazao je kako "Slovenija mora ustrajati na mjerama koje već provodi, među kojima su i evidentiranje hrvatskih ribara te na upozorenjima u vezi s članstvom Hrvatske u Schengenu i OECD-u", podsjeća Večernji.
Sud Europske unije sa sjedištem u Luxembourgu jedna je od sedam institucija EU, a čine ga dva suda: Sud i Opći sud. Opći sud, na kojem Pavliha – inače kandidat predsjednika Boruta Pahora – nije prošao, čini 46 sudaca, pa su tako iz Hrvatske članice Vesna Tomljenović i Tamara Perišin, piše Večernji list.